До конца 1998 года Литвиненко был офицером нескольких особо секретных подразделений российской контрразведки, специализировался на борьбе с террористическими и мафиозными организациями.
По словам Литвиненко, в 1998 г. на территории России тайно находился Айман аз-Зауахири, возглавлявший тогда террористическую организацию Al-Jihad al-djadid (была сформирована из египетских эмигрантов – активистов группировок Al-Jihad и Al-Jamaah al-Islamiyah).
К началу 1998 года завершился процесс слияния двух наиболее радикальных исламистских организаций: Al-Jihad al-djadid и «Аль-Каида». В иерархии последней Айман аль-Зауахири стал вторым человеком после Усамы бин Ладена. В феврале 1998 г., находясь в Афганистане, они основали «World Islamic Front for Jihad against Jews and Crusaders». Однако тогда западные спецслужбы еще не обращали особого внимания на аль-Зауахири (за несколько лет до того он свободно посещал США и страны Западной Европы). Охота на него, как и на многих его соратников, началась лишь после взрывов американских посольств в Кении и Танзании в августе 1998 года. Потом, уже ретроактивно, аналитикам ЦРУ с помощью египетских и израильских коллег удалось частично восстановить график активности аль-Зауахири на протяжении семи-восьми месяцев, предшествовавших атакам в Восточной Африке. Как выяснилось, с января до конца июля он лично курировал подготовку терактов в Кении и Танзании. С этой целью аль-Зауахири не раз выезжал за пределы Афганистана, в частности, в Судан (в середине мая). Параллельно он уделял немало внимания укреплению связей «Аль-Каиды» со спецслужбами Хартума и Тегерана. Напомним также, что египтянин Айман аль-Зауахири известен на родине как участник организации убийства президента Египта Садата в октябре 1981 г., взрыва посольства Египта в Исламабаде в 1996 г. и заочно приговорен к смертной казни.